Résumé :
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Le principal mécanisme permettant l'augmentation de la diversité du protéome codé par un nombre limite de gènes est l'épissage alternatif. Ainsi, plus de 70 % des gènes humains produisent plusieurs transcrits au contenu exonique différent. j'ai développé la plateforme bioinformatique fast DB qui regroupe les informations concernant le contenu exonique des transcrits connus de tous les gènes humains et murins, ainsi qu'un ensemble de prédictions concernant leurs potentialités codantes et leur régulation post-transcriptionnelle. fast DB contient également des outils que j'ai développés afin de faciliter les études expérimentales sur l'expression des variants d'épissage. en particulier, j'ai créé un système d'analyse des puces Exon Array d'Affymetrix qui permet d'étudier l'expression de l'ensemble des gènes à l'échelle de l'exon. mon système d'analyse de ces puces comprend un algorithme de prédiction des évènements d'épissage différentiellement régulés ainsi qu'une interface de visualisation des données qui permet non seulement de vérifier les prédictions issues de l'algorithme, mais également d'interpréter ces résultats de manière simple et rapide. ce système permet l'étude de la régulation/dérégulation de l'épissage à large échelle. cela est important à la fois dans la recherche fondamentale et dans la recherche biomédicale puisque des altérations de l'épissage sont fréquemment observées dans des pathologies telles que le cancer. par ailleurs, de nombreuses maladies monogéniques sont dues à des altérations de l'épissage en raison de mutations au niveau de sites d'épissage, mais également au niveau de séquences régulatrices de l'épissage. afin d'aider les généticiens à prédire l'impact des variations génétiques sur les produits des gènes humains, j'ai développé iMESS qui permet de tester l'effet de variations génétiques sur la séquence en acides aminés, sur les signaux classiques de l'épissage, sur les séquences régulatrices de l'épissage et sur la structure secondaire de l'ARN. En conclusion, les outils bioinformatiques que j'ai développés participent aux efforts de la communauté scientifique pour étudier les produits des gènes et leur expression à l'échelle de l'exon dans ce qui est considéré comme l'ère post-génomique. Ces efforts sont notamment nécessaires pour comprendre et traiter certaines maladies.
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